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慢病毒常被用作基因傳遞和基因編輯工具,在基因治療、基因表達調(diào)控、疾病模型構(gòu)建等領域有著廣泛的應用
主要特點
1. 穩(wěn)定的基因傳遞和表達: 慢病毒載體能夠?qū)⑼庠椿蚍€(wěn)定地整合到宿主細胞基因組中,并且在細胞分裂過程中傳遞給后代細胞。這種整合性基因傳遞方式確保了外源基因在宿主細胞中的長期穩(wěn)定表達。
2. 可控的基因表達水平: 通過調(diào)整慢病毒載體的構(gòu)建和設計,可以實現(xiàn)對外源基因表達水平的調(diào)控。例如,可以利用不同的啟動子、增強子和調(diào)節(jié)元件來控制基因的轉(zhuǎn)錄水平,從而實現(xiàn)對目標基因的表達量調(diào)節(jié)。
3. 多功能性應用: 慢病毒載體不僅可以用于基因傳遞和基因表達調(diào)控,還可以用于基因編輯、基因治療、細胞工程等多種應用,如CRISPR/Cas9介導的基因編輯、CAR-T細胞治療等。通過慢病毒載體的介導,可以將基因編輯工具或特定基因序列導入目標細胞中,實現(xiàn)對基因的精準編輯和調(diào)控,從而改變細胞的功能和特性,實現(xiàn)基因修復、突變或敲除等功能。
讓我們來看看如何利用慢病毒載體多面操縱基因調(diào)控
一、慢病毒載體介導編碼基因過表達及點突變
★文章標題:Gain-of-function mutations in the catalytic domain of DOT1L promote lung cancer malignant phenotypes via the MAPK/ERK signaling pathway
★發(fā)表期刊:Science Advances
★作者單位:沈陽藥科大學
本文中,作者鑒定了組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶DOT1L中的一系列功能獲得性突變。其中強的是位于催化DOT結(jié)構(gòu)域R231Q,R231Q可以增強DOT1L的底物結(jié)合能力。此外,R231Q 在體外和體內(nèi)促進肺癌細胞的細胞生長和耐藥性。機制研究還表明,R231Q突變體通過富集RAF1啟動子上的H3K79me2和表觀遺傳調(diào)控下游靶標的表達來特異性激活MAPK/ERK信號通路。DOT1L抑制劑(SGC0946)和MAPK/ERK軸抑制劑(binimetinib)的聯(lián)合運用可以有效逆轉(zhuǎn)R231Q誘導的表型。以上研究結(jié)果揭示了表觀遺傳酶的功能獲得性突變,并為肺癌患者的精準治療提供了有希望的見解。
圖1. 組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶DOT1L的R231Q位點突變可以增強DOT1L的底物結(jié)合能力,促進腫瘤生長
感染細胞 | 人大細胞肺癌細胞 |
調(diào)控方式 | 基因過表達(全長/點突變) |
載體信息 | LV-DOT1L-WT/LV-DOT1L-R231Q |
二、慢病毒載體介導非編碼基因circRNA過表達
★文章標題:CircCRIM1 suppresses osteosarcoma progression via sponging miR146a-5p and targeting NUMB
★發(fā)表期刊:American Journal Of Cancer Research
★作者單位:江蘇大學醫(yī)學院
CircCRIM1是一種環(huán)狀RNA,通過反向剪接基因CRIM1形成。最近的研究表明,CircCRIM1在包括骨肉瘤(OS)在內(nèi)的多種惡性腫瘤的腫瘤發(fā)生中具有多種功能。本文作者研究了circCRIM1在OS進展中的作用和機制。通過檢索GSE96964的circRNA表達微陣列數(shù)據(jù)集,篩選OS和人成骨細胞(hFOB1.19)中差異表達的circRNA(包括circCRIM1)。RT-qPCR檢測circCRIM1及其海綿miRNA和靶基因的表達水平。通過體外功能獲得實驗研究了circCRIM1對OS細胞增殖、遷移和侵襲的影響。通過測量裸鼠皮下和原位腫瘤生長來評估 circCRIM1對OS的體內(nèi)功能。circCRIM1的過表達抑制了OS細胞在體外的遷移、侵襲、增殖和體內(nèi)OS腫瘤的生長。在機制上,作者通過生物信息學預測將miR146a-5p鑒定為circCRIM1的海綿miRNA,并通過報告基因檢測和FISH分析證實了它們的相互作用和共定位。這種相互作用導致下游靶基因NUMB的表達增加,這將導致Notch信號通路的抑制。作者進一步證明了miR146a-5p過表達可以逆轉(zhuǎn)OS細胞中circCRIM1誘導的抗腫瘤作用。以上研究結(jié)果支持circCRIM1通過海綿化miR146a-5p及其下游靶標NUMB在OS中充當腫瘤抑制因子。
圖2. circCRIM1的過表達抑制了骨肉瘤細胞在體外的遷移、侵襲、增殖和體內(nèi)骨肉瘤瘤的生長
感染細胞 | 人骨肉瘤細胞 |
調(diào)控方式 | 非編碼基因過表達(circRNA) |
載體信息 | LV-circCRIM1 |
三、慢病毒載體介導非編碼基因LncRNA干擾
★文章標題:Long noncoding RNA AGPG regulates PFKFB3-mediated tumor glycolytic reprogramming
★發(fā)表期刊:Nature communications
★作者單位:中山大學
腫瘤細胞通常會重新編程其新陳代謝以實現(xiàn)快速增殖。長鏈非編碼RNA(lncRNA)在代謝重塑中的作用及其潛在機制仍然難以捉摸。通過篩選,作者發(fā)現(xiàn)lncRNA AGPG是食管鱗狀細胞癌(ESCC)中糖酵解活性增加和細胞增殖所必需的。在機制上,AGPG結(jié)合并穩(wěn)定 6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶3(PFKFB3),通過阻止APC/C介導的泛素化,AGPG 保護PFKFB3免受蛋白酶體降解,導致PFKFB3在癌細胞中積累,隨后激活糖酵解通量并促進細胞周期進程。AGPG也是p53的轉(zhuǎn)錄靶標;TP53的缺失或突變會觸發(fā)AGPG的顯著上調(diào)。值得注意的是,抑制AGPG會顯著損害患者來源的異種移植物(PDX)模型中的腫瘤生長。臨床上,AGPG在許多癌癥中高表達,AGPG高表達水平與預后不良相關,提示AGPG是一種潛在的生物標志物和癌癥治療靶點。
圖3. 敲低AGPG抑制腫瘤形成抑制增殖和下游基因表達
感染細胞 | 人食管鱗癌細胞 |
調(diào)控方式 | 非編碼基因干擾(LncRNA) |
載體信息 | LV-shAGPG |
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圖4. 和元生物VPack系統(tǒng)LncRNA表達及感染效果圖
四、CRISPR/Cas9技術(shù)介導基因敲除
★文章標題:A novel protein RASON encoded by a lncRNA controls oncogenic RAS signaling in KRAS mutant cancers
★發(fā)表期刊:Cell Research
★作者單位:南京大學
作者報道了RASON是一種由LINC00673編碼的新型蛋白質(zhì),是致癌RAS信號轉(zhuǎn)導的正調(diào)節(jié)因子。RASON在胰腺導管腺癌(PDAC)患者中異常過表達,在體外促進人PDAC細胞系的增殖和體內(nèi)腫瘤生長。CRISPR/Cas9介導的小鼠胚胎成纖維細胞中Rason的敲除抑制KRAS介導的腫瘤轉(zhuǎn)化。Rason的基因缺失消除了LSL-KrasG12D Trp53R172H/+型小鼠中致癌基因KRAS驅(qū)動的胰腺癌和肺癌發(fā)生。從機制上講,RASON直接與KRASG12D/V結(jié)合并抑制內(nèi)源的和GTP酶激活蛋白(GAP)介導的GTP水解,從而維持KRASG12D/V處于 GTP結(jié)合的活躍狀態(tài)。在治療上,敲除 RASON會使KRAS突變的胰腺癌細胞和患者來源的類器官對EGFR抑制劑敏感。以上研究結(jié)果表明,RASON是致癌基因KRAS信號轉(zhuǎn)導的關鍵調(diào)節(jié)因子,也是一個KRAS突變癌癥的有前途的治療靶點。
圖5. CRISPR/Cas9介導的小鼠胚胎成纖維細胞中Rason的敲除抑制KRAS介導的腫瘤轉(zhuǎn)化
感染細胞 | 小鼠胚胎成纖維細胞 |
調(diào)控方式 | CRISPR/Cas9敲除 |
載體信息 | LV-sgRason-spCas9 |
五、CRISPRa技術(shù)實現(xiàn)內(nèi)源性轉(zhuǎn)錄激活
除了可以基因敲除外,CRISPR技術(shù)也可以對內(nèi)源基因的轉(zhuǎn)錄進行激活。利用CRISPR/Cas9技術(shù)進行基因的敲除、插入、替換依賴的是Cas9蛋白切割DNA的能力,而如果人為突變RuvC1、HNH兩個剪切位點,Cas9蛋白的切割能力損失成為dCas9蛋白,但仍可以與gRNA結(jié)合形成復合物。dCas9和gRNA復合物可以結(jié)合在DNA的特定位置上,在此基礎上,研究人員在復合物的后方連接一些轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件,如轉(zhuǎn)錄激活的VP64、VP16元件等,同時將復合物錨定在基因轉(zhuǎn)錄起始區(qū)域的上游,即可實現(xiàn)對特定基因的轉(zhuǎn)錄激活。
圖6. SAM技術(shù)實現(xiàn)內(nèi)源性基因激活
Chavez A,et al,.Nat Methods,2016
圖7. 加入gRNA后mCherry表達明顯增強
總的來說,慢病毒載體在基因調(diào)控中具有穩(wěn)定的基因傳遞和表達能力,可實現(xiàn)對外源基因的可控和特異性表達,為基因研究、基因治療和細胞工程等領域提供了強大的工具和平臺。
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